In Happy Mushroom vind je een groot mycelium. Waarop veel verschillende paddenstoelen groeien. Ze vragen je om ze gelukkig te maken. Elke paddenstoelsoort wil afzonderlijk op zijn eigen mycelium gevonden worden, en niet vermengd met andere. Je moet op twee of meer identieke paddenstoelen in de buurt klikken om ze te verwijderen en hiervoor punten te krijgen. Nadat je het vereiste bedrag hebt verzameld, ga je naar het volgende niveau. Probeer grote groepen te vinden, dit levert meteen veel punten op voor Happy Mushroom. Punten worden verzameld, hun aantal beweegt van niveau naar niveau en je voegt alleen nieuwe toe.