De Ball Trek Genesis Edition-game nodigt je uit om aan de oorsprong van het universum te staan; het hele proces zal eruit zien als een puzzel met ballen. In feite zijn de blauwe bollen planeten die in de toekomst het zonnestelsel zullen vormen. De taak is om een reeks ballen door het doolhof te leiden om bij het witte uitgangsportaal te komen. Tijdens het verplaatsen is het noodzakelijk om batterijen in te zamelen en dit is een vereiste. Om te voorkomen dat de ballen vast komen te zitten in doodlopende wegen, moet je verschillende commando's gebruiken met de toetsen E, C, Q en X. Je kunt de besturing van de ballen veranderen, waardoor je zowel vooruit als achteruit kunt bewegen. Op elk niveau worden nieuwe obstakels toegevoegd die ergens moeten worden geplaatst om plaats te maken voor de ballen in Ball Trek Genesis Edition.
