De Apenkoning werd gevangengenomen en naar het centrum van de stad gebracht, naar een geheim laboratorium waar experimenten met hem zouden worden uitgevoerd. Onze held heeft zich kunnen losmaken en nu zal hij door de hele stad moeten rennen om in het bos te belanden. In het spel Run King Monkey help jij hem hierbij. Voor je op het scherm zie je je aap door een stadsstraat rennen en snelheid opvoeren. Door zijn run te controleren, help je de koning om obstakels heen te rennen of er gewoon overheen te springen. Onderweg moet je in het Run King Monkey-spel het personage helpen bananen en andere nuttige items te verzamelen die hem kracht geven of andere nuttige bonussen opleveren.