Tijdens het onderzoeken van een andere zaak vond de held van het spel Mystery Subway Escape 2, detective Michael, een geheime ingang naar verlaten metrostations. Weinig mensen kennen ze. We hebben het niet over technische tunnels, maar over stations die ooit operationeel waren, maar om de een of andere reden gesloten en niet geclaimd bleken te zijn. Er was daar wat apparatuur, spullen en voorwerpen die niet werden weggegooid omdat ze misschien nog bruikbaar waren. Het is daar dat onze held op zoek gaat naar bewijs en vervolgens naar een uitweg, aangezien de deur waar hij binnenkwam op slot was door iemand in Mystery Subway Escape 2. Blijkbaar hielden ze hem in de gaten en besloten ze de nauwgezette detective uit de weg te ruimen.
