Magiërs van verschillende niveaus, tovenaars, tovenaars en zelfs heksen gebruiken speciale magische sferen waarin ze de toekomst of het verleden zien. Elke bol kan een specifieke functie vervullen. Bovendien zijn de bollen verkrijgbaar in verschillende niveaus en zelfs maten. Het spel 3D Balls: Merge nodigt je uit om de plaats te bezoeken waar magische ballen worden gevormd, deze plek is alleen toegankelijk voor hoge magiërs en nu voor jou. Op jouw commando vallen de ballen naar beneden zodat je ervoor zorgt dat twee identieke ballen tegen elkaar botsen. Als gevolg hiervan zal er een samensmelting plaatsvinden en zal er een bol met een grotere diameter en een hoger niveau verschijnen in 3D Balls: Merge.
