Het piratenvaartuig is vies, er is geen plaats voor adel en eer, dus piraten beroven elkaar vaak en nemen de buit. Ook de held van het spel Pirate Ironclad Jack Escape, de beroemde piraat Jack, werd aangevallen. Hij stond bekend om zijn taaiheid en meedogenloosheid, maar op een dag deden ze hetzelfde met hem als hij al meer dan eens had gedaan. De piraat werd in een val gelokt en opgesloten op een van de verlaten schepen op het scheepskerkhof. Daar wegkomen is niet eenvoudig, maar de ervaren piraat verliest de hoop niet en hij wil ook wraak nemen op degenen die hem in de steek hebben gelaten. Help de piraat uit het schip te ontsnappen door puzzels op te lossen in Pirate Ironclad Jack Escape om de uitgang te openen.