Een speciale trein die van Antarctica naar de jungle rijdt, zal mogelijk niet meer bestaan, en de reden hiervoor is de verslechtering van de spoorlijnen. De dieren, bang het enige transportmiddel waarmee ze konden reizen kwijt te raken, wendden zich tot Diego voor hulp bij Go Diego Go! Diego's spoorwegredding. De jongen staat klaar om te helpen en betrekt jou bij de uitvoering van zijn plan. Het gaat om het repareren van de weg, maar eerst moet je alle dieren in de rijtuigen plaatsen. Passagiers komen overeen alleen in gezelschap van hun eigen soort te reizen, dus er is een apart rijtuig voor pinguïns, herten, beren, enzovoort. Als alle dieren zijn geplaatst, begint de trein aan zijn reis en vóór elke stop moet je de weg als een puzzel in elkaar zetten door afzonderlijke secties te draaien in Go Diego Go! Diego's spoorwegredding.
