De puzzels in Brain Line Connect laten je raden terwijl je steeds uitdagendere taken krijgt. Spelelementen zijn de stippen die je gaat verbinden, waarbij je rekening houdt met verschillende obstakels. De verbinding moet continu zijn, zonder uw hand op te steken. Je kunt niet twee keer langs dezelfde lijn tekenen. Het spel bestaat uit vier delen, elk met tientallen niveaus. Uiteraard is het vierde deel veel moeilijker dan het eerste. Maar je kunt er niet naar overstappen; onderdelen, zoals niveaus, moeten één voor één worden voltooid in Brain Line Connect.