De pijlpuzzel is enigszins aangepast in Flower Arrow Puzzle, hoewel de regels niet zijn veranderd. Pijlen hebben de veelkleurige bloemhoofdjes vervangen en zullen gidsen worden in dit spel. Door op de pijl te klikken, begint deze te bewegen in de richting waarin de bloem wijst. Als er nog een pijl in de weg staat, zal er een botsing plaatsvinden en verlies je het hart. Het zijn er in totaal drie. Met elk niveau verschijnen er steeds meer pijlen op het veld, ze zijn met elkaar verweven en dit maakt de taak in Flower Arrow Puzzle moeilijker.
