Op de schurk Bowser heeft een nieuwe bondgenoot - een sterke heks. Ze zenden op het Mushroom Kingdom krachtige spreuk stal de zon en verhuisde het paleis met de prinses in de schurkachtige hol. Opnieuw helpen Mario nodig hebt en hij gaat ontwarren schoonheid, en voor één en de wereld redden van de eeuwige duisternis. Beheer pijlen, spring op vijanden, verzamel munten voorafgaand aan de slag met de belangrijkste vijand.
