In een verre wereld leven intelligente vogels. Onder hen zijn er mensen die de rest van het peloton beschermen tegen agressieve wezens en de volgorde bewaken. In het spel Tweety Fly maken we kennis met een van hen. Hij werd gestuurd op zoek naar twee jonge kuikens die verloren waren. Vliegen door het bos, hij kon ze vinden en nu moet hij ze teruggeven aan hun ouders, maar hiervoor moet hij een bepaalde afstand naar hun nest vliegen. Maar hun pad zal worden gevuld met een groot aantal gevaren. Dit kunnen verschillende soorten vallen zijn of monsters die in de lucht vliegen. Je bestuurt op een handige manier de vlucht van je held om te voorkomen dat je erin kruipt. Onderweg verzamel je gouden munten die je verschillende bonussen zullen geven. Deze winst zal je helpen bij het passeren van het spel.
