Ver in de ruimte, in de baan van een van de planeten, was een ruimteschip waarop een laboratorium was waarin experimenten werden uitgevoerd op verschillende dieren. Ze werden geïnjecteerd met buitenaards DNA en bekeken hoe ze veranderden. Net als bij de basis verdween de verbinding en werden de soldaten daarheen gestuurd vanuit de Star Assault. We zullen een van hen zijn in het spel Attack on the Mothership. Ons personage is bewapend met een standaard munitie. Het is zijn taak om het schip te penetreren en uit te zoeken wat daar is gebeurd. Zoals later bleek, veranderde de hele ploeg in monsters en nu moet je het gevecht met hen aangaan. Met je wapens moet je snel en effectief alle monsters vernietigen die je tegenkomt op het dek van het schip.