In het oude Japan was er een constante oorlog tussen twee kasten van strijders - samurai en ninja. Jij in het spel Ninja Runner zal vechten aan de zijde van de Orde van Ninja's. Je personage kreeg een bevel van de leider van het bevel om verkenningen uit te voeren in een bos, waar de samurai-detachementen zich kunnen verbergen. Je held dook moedig het bos in en rende het pad over. Veel gevaren en vallen wachten hem op zijn weg. Jij die je personage bestuurt, moet hem laten springen en niet in deze vallen vallen. Als je vijandige soldaten tegenkomt, moet je ze allemaal vernietigen met behulp van een zwaard. Verzamel gewoon de verschillende items die op zijn pad vallen.
