Op een ochtend zagen de inwoners van de stad Metropolis hoe een veelheid van ruimteschepen uit de hemel neerdaalden waaruit nieuwkomers verschenen. Ze openden onmiddellijk het vuur op burgers en begonnen op hen te jagen. De dappere held die altijd de stad heeft verdedigd, moet opnieuw vechten. We zijn in het spel Superman: Theme is Aliens zal Superman helpen om hun stad te verdedigen en tegenstanders te vernietigen. Onze held zal geleid moeten worden door de radar, die hem zal vertellen waar de buitenaardse soldaten zijn. Daarna moet je de vijand aanvallen. Je kunt ze met stoten doden of de superkrachten van je held gebruiken.
