Buitenaardse schepen bezoeken heimelijk onze planeet en bestuderen niet de levens van mensen, maar om een compleet andere reden. Het blijkt dat ze geïnteresseerd zijn in onze huisdieren en voornamelijk - koeien. Er waren al veel gevallen van koeien ontvoeren en ze keerden niet terug. De heldin van het Cow Cow Run-spel is de koe. Die erg bang is dat ook zij gekidnapt zal worden. En haar zorgen, zo blijkt, zijn niet ongegrond. Je moet haar redder zijn in onze game. De taak is om rond de boerderij te lopen. Bestuur de dieren met behulp van pijlen en zorg ervoor dat het niet in het netwerk van ontvoerders valt.