Tijdens het reizen door de ruimte ontdekte astronaut Jack een enorme drijvende basis. Onze held besloot haar te penetreren en te verkennen. Maar eerst moet hij een landingsplaats vinden. Jij in de game Endless Space Pilot zal hem hierbij helpen. Je vliegt op je ruimteschip langs een specifieke route. Onderweg kom je obstakels en verschillende vallen tegen. Je bent slim aan het manoeuvreren op je schip, je moet ze allemaal om zich heen vliegen. Onthoud dat botsingen met een obstakel het schip zullen beschadigen en je held zal sterven.