In de nieuwe Mr Ninja Fighter-game ga je naar het oude Japan en help je de dappere ninja-oorlog tegen bendes van rovers. Je personage moet naar afgelegen provincies van het land gaan en daar alle bendes van criminelen vernietigen. Voor je op het scherm zal je personage gewapend met een zwaard zichtbaar zijn. Hij zal vooruit rennen langs het pad. Onderweg vallen verschillende kuilen in de aarde en vallen. Je moet je bedieningstoetsen gebruiken om je personage over alles heen te laten springen. Wanneer je de vijand ontmoet, sla hem dan met je zwaard en vernietig de vijand.
