Rabbit Roger wil deelnemen aan de jaarlijkse hardloopwedstrijden in de stad waar hij woont. Om de wedstrijd te winnen, moet onze held dagelijks trainen. Jij in het spel Bunny Run zal hem hierbij helpen. Je konijn uit alle klauwen die geleidelijk aan sneller worden, zal door de straten van de stad rennen. Onderweg verzamelt hij verschillende nuttige items. Wanneer er obstakels opkomen langs zijn pad, moet je de controlepijlen gebruiken om het konijn erover te laten springen of eromheen te rennen.