In het oude Japan waren er speciale tempels waarin ze oorlogen voorbereidden als de ninja. Jij in het spel Ninja Runs 3d gaat naar een van hen en helpt een ninja door verschillende soorten trainingen te gaan. Vandaag moet je held samen met andere ninja's over een speciaal geconstrueerde hindernisbaan rennen en eerst naar de finish komen. Je zult zijn acties beheren. Je moet over veel obstakels springen, verschillende obstakels beklimmen en nog veel meer acties uitvoeren die je ninja helpen de wedstrijd te winnen.
