In het nieuwe spel Ninja vs Ninja ga je naar de wereld waar mensen van de doos wonen. Er is een oorlog tussen de twee ninjabestellingen en jij gaat met een van hen mee. Je karakter is een rode man. Hij zal in de kamer zijn waar zijn tegenstander blauw is. Daartussen bevinden zich verschillende obstakels en vallen. Je moet je personage door al deze gevaren leiden en je tegenstander aanvallen. Met verschillende werpwapens vernietig je de vijand en krijg je er punten voor.
