De dappere ninjastrijder betrad het grondgebied van de vijand. Je held moet geheime documenten stelen van het kasteel van een van de aristocraten. Jij in het spel Ninja Runner moet de ninjavecht helpen om er integer in te geraken. Je held zal langs een bepaalde route langs de weg rennen. Er zullen verschillende obstakels en storingen worden gevonden. Je zult moeten doen dat hij over al deze gevaren springt. Probeer onderweg verschillende voorwerpen en gouden munten te verzamelen die overal verspreid liggen.
