Leden van het mystieke onderzoeksbureau, waarin Scooby-Doo niet de laatste is, bevinden zich naar soort activiteit op verschillende plaatsen. Meestal zijn ze gevaarlijk en moeten ze zelfs hun leven riskeren. In het spel Scooby-Doo! `s Over boord ga je met de helden mee op een piratenschip. De piraten zelf zijn tegenstrijdige jongens, en toen kregen ze net een geschil en begon de onrust op het schip. Het team was verdeeld in twee delen, die zich aan weerszijden van het dek bevinden. Ze schieten geweren, gooien sabels en andere gevaarlijke voorwerpen. In zo'n situatie moet je Scooby helpen om over het dek te komen.
