Buitenaardse aliens arriveerden in het geheim op onze planeet om verkenningen uit te voeren, en toen ze ontdekten wat ze hier hadden, wat ze nodig hadden, begonnen ze agressiever te handelen. Het blijkt dat er geen buitenaardse hulpbronnen van belang zijn, ze hebben vee nodig en alles wat op de boerderij wordt verbouwd. Zo werd de hele landbouw van aardbewoners bedreigd. Je moet ten minste één boerderij redden van de invasie in het spel Agriculture vs Aliens 2. Oogst, zaai de velden opnieuw en vecht tegen ongenode gasten uit de ruimte. Laat ze niet alles ophalen wat ze willen.
