In het tweede deel van de Virus Ninja 2-game help je een dappere ninjastrijder die verschillende virussen bestrijdt. Voordat je op het scherm komt is er een speelveld waarop verschillende bacteriën zullen verschijnen. Ze bewegen in verschillende richtingen en met verschillende snelheden. Om ze te vernietigen heb je een zwaard nodig. Kijk goed naar het scherm en bestuur objecten met de muis. Zo sla je de bacteriën aan en hak je ze in stukjes. Soms kunnen er bommen tussen deze objecten verschijnen. Je mag ze niet slingeren.
