Kijk in het Mushroom Kingdom, opnieuw gebeurde er een noodsituatie - Princess Peach werd ontvoerd. Maar deze keer heeft de boze Bokser er niets mee te maken, want dat is niet verwonderlijk. Het arme ding werd weggesleurd door een boze geest en vloog met de gijzelaar weg naar de duistere kant van een compleet andere wereld, niet behorend tot die waar Mario woont. De dappere loodgieter moet de wereld van Minecraft oversteken en de ontvoerder vinden. Eenmaal in het buitenland wordt Mario als blokbewoners en dit is niet verwonderlijk, hij hoeft niet op te vallen. Help de held in Super Mario MineCraft Runner langs een lang pad met obstakels die munten verzamelen.