De dappere ninja Kyoto kreeg van het hoofd van zijn bevel de taak om het bewaakte landgoed van een aristocraat binnen te dringen en daar geheime documenten te stelen. Jij in het spel Endless Ninja zal hem helpen deze missie te voltooien. Je personage beweegt zich langzaam op de weg en wint aan snelheid. Onderweg komen ze verschillende soorten vallen tegen. Je held die ze benadert, zal onder jouw leiding sprongen moeten maken. Zo vliegt hij door de lucht via deze gevaarlijke delen van de weg. Soms kom je overal verschillende soorten objecten en munten tegen. Je zult moeten proberen ze allemaal te verzamelen.
