Het duurde niet lang na het laatste gevecht met de zombies, maar de overwinning was niet definitief. Er zijn nog steeds centra van accumulatie van de levende doden en deze moeten worden schoongemaakt. Wie dit gaat doen in Stupid Zombies 2 is aan jou. De keuze is tussen een man en een vrouw. Dit zijn gelijkwaardige krijgers, denk niet dat de dame zwakker zal zijn, omdat je haar acties zult controleren. Als je spel zwak blijkt te zijn, wat maakt het dan uit wie wordt gekozen. De taak is hetzelfde en onveranderlijk op elk niveau - om alle zombies te vernietigen, waar ze ook zijn. Ze grommen, proberen de held bang te maken, maar je moet hier niet op letten, doe gewoon je ding. De voorraad munitie is beperkt, dus je shots moeten goed doordacht en dus zo nauwkeurig mogelijk zijn. Als het doelwit zich niet op het niveau van een voltreffer bevindt, zoek dan een manier om het te raken met een ricochet. Schiet op de plafonds, de kogel zal stuiteren en de zombies vernietigen. Als het niet kaatst, gebruik dan bestaande objecten op het veld die kunnen worden verplaatst of neergezet.
