De goedaardige loodgieter Mario heeft een rivaal: de sluwe en sluwe Vario. Hij concurreert constant om welke reden dan ook met de held. In het geheim wil hij de plaats innemen van Mario in het Mushroom Kingdom, dichter bij de mooie prinses Peach. Laatst stelde de sluwe man voor dat de loodgieter een hardloopwedstrijd zou organiseren. Om te winnen, moet je de eerste zijn die de rode vlag bereikt en behendig over obstakels springt. Help Mario, je wilt niet dat Vario wint. Probeer tijdens het hardlopen geen munten te missen. Dit is niet alleen goud, maar een manier om de held te versnellen, hij zal veel sneller rennen met een munt in zijn zak. Als de held over een obstakel struikelt, staat hij weer aan het begin van Super Mario vs Wario.
