SpongeBob besloot deel te nemen aan een hardloopwedstrijd. Hij wil ze winnen en beroemd worden in het hele district. Daarom besloot hij al zijn vrije tijd aan training te besteden. Jij in het spel SpongeBob SquarePants Runner zal hem hierbij helpen. Je ziet SpongeBob op het scherm, die geleidelijk aan sneller over de weg zal rennen. Op het pad van onze held zullen gaten in de grond zijn. Als SpongeBob op een bepaalde afstand naar ze toe rent, moet je met de muis op het scherm klikken. Dan springt en vliegt je personage door de lucht over dit gevaarlijke deel van de weg. Verspreide gouden munten zijn overal. Je zult het moeten doen dat je held ze zou verzamelen. Hiervoor krijgt u punten.