Er brak oorlog uit tussen de twee ninja-ordes. Jij in het spel Ninja Versus Ninja neemt deel aan deze confrontatie. Aan het begin van het spel moet je je personage kiezen. Daaronder krijg je wapens en munitie. Daarna bevindt je held zich in een bepaald gebied. Je tegenstander bevindt zich aan de andere kant van de locatie. Bij het signaal moet je in zijn richting gaan. Zodra je dichtbij komt, begint het duel. Je kunt met je zwaard slaan of werpwapens gebruiken. Jouw taak is om de vijand zo snel mogelijk te doden en er punten voor te krijgen. Hij zal je ook aanvallen. Je zult zijn slagen moeten ontwijken of ze met je zwaard moeten blokkeren.
