In de meeste bestaande games verschijnt de ninja voor ons als een dappere, onbaatzuchtige held en vechter. Hij vecht dapper met degenen die naar de donkere kant zijn overgeschakeld of met echte monsters en monsters, hakt behendig fruit en groenten met een scherp zwaard en gooit treffend shuriken-stalen sterren. In de game Run Ninja ontmoet je een heel ander personage. Eigenlijk zie je alleen zijn rug en sprankelende hakken. Onze ninja wil de kunst van het vechten niet beheersen, hij is buiten zijn krachten en hij besloot te ontsnappen uit het klooster. Nou, dit is zijn keuze en je moet hem gewoon helpen het moeilijke pad te overwinnen, bezaaid met obstakels in dezelfde pits en vallen met spikes in Run Ninja.
