Een team van piraten is op een onbewoond eiland geland om hun verborgen schatten op te halen. Maar een ander piratenschip volgde hen. Zijn kapitein wil profiteren van andermans schatten. In Pirate Run moet je de jonge piraat helpen de slechterik voor te blijven en alle rode robijnen te verzamelen voordat de oude overvaller hem kan inhalen. Kristallen verschijnen één voor één op platforms. Het is de moeite waard om er een op te halen, want de tweede zal hierna verschijnen, maar op een andere plaats, enzovoort. In eerste instantie zal de achtervolger ook alleen zijn, maar dan zullen er meer zijn en zal de taak van de held veel moeilijker worden. Hoe lang kun je het volhouden in Pirate Run!