Op jacht naar buitenaardse wezens die onze planeet binnenvallen, moet Ben 10 verschillende plaatsen bezoeken en al zijn capaciteiten, inclusief fysieke, gebruiken om verschillende obstakels te overwinnen. Vooral zijn natuurlijke springvermogen helpt hem daarbij. Hij zal het demonstreren in het spel Ben 10 Jumper, en jij gaat hem helpen. Maar Ben is niet het enige personage dat je helpt, terwijl je door de levels vordert, krijg je toegang tot andere helden, waaronder: Gwen, zijn zus en vriendelijke aliens: Diamond Head, Strongman, Vilgax en anderen. Daarnaast veranderen ook de locaties. Eerst moet je door het bos gaan, dan een knoop bezoeken waar een bergstroom stroomt, in grotten klimmen, de Arctic bezoeken en zelfs naar Planet X gaan in Ben 10 Jumper.