Tot nu toe had Mario alleen te maken met kwade paddenstoelen, slakken en andere handlangers van zijn eeuwige vijand Bowser. Maar dit zijn slechts bloemen vergeleken met wat hem te wachten staat in Super Mario Commander. Er werd onverwachts een verraderlijke aanval vanuit de ruimte gedaan op de World of Mario. Verschrikkelijke en wrede wezens, tot de tanden bewapend, richtten verwoesting aan in het eens zo vredige koninkrijk. Mario zal een serieus wapen moeten opnemen en de rol van superheld moeten spelen. En om hem te laten slagen, moet u de loodgieter helpen een nieuwe rol voor zichzelf te verwerven. Het is noodzakelijk om de platforms van ruimtepiraten vrij te maken en de wereld weer op aarde te brengen in Super Mario Commander.