Alles verandert in de loop van de tijd en de wereld van Mario is ook veranderd. Als eerder alle vijanden bekend waren en er waren er niet zo veel, nu zijn ze verborgen en gevaarlijker geworden. In Super Mario Vs Mafia zal onze dappere loodgieter het moeten opnemen tegen een grote maffiagroep. Uiterlijk zijn dit stevige kerels in zwarte pakken, maar in feite zijn het echte bandieten, bovendien wreed en meedogenloos. Help de held om te gaan met alle criminelen. Je zult waarschijnlijk voor het eerst een krachtig handvuurwapen in de handen van de held zien. De voorraad munitie op elk niveau zal veranderen afhankelijk van de situatie, maar het zal altijd minder zijn dan nodig. Daarom moet elk schot het doel bereiken. Met één kogel kan de held meerdere bandieten tegelijk vernietigen als ze zich op dezelfde baan bevinden of met behulp van een ricochet in Super Mario Vs Mafia.