Alles in de gamingwereld staat op zijn kop. In het eens zo vredige Mushroom Kingdom, waar het altijd kalm was en alleen paddenstoelen of schildpadden een beetje konden spelen, begonnen echt gevaarlijke vijanden te verschijnen: zombies. Het is niet voor de eerste keer dat Mario een krachtig wapen ter hand moest nemen om de invasie te weerstaan, anders zou de wereld vergaan. In het spel Super Mario Shooting Zombie kun je de held helpen de ondoden te verslaan van de plaatsen waar ze zich hoopten te verstoppen en zich te verstoppen tot betere tijden. Je moet de ondoden overal vandaan halen, alle beschikbare objecten gebruiken, en afketsen in Super Mario Shooting Zombie.