In het Paddenstoelenrijk, opnieuw problemen, vielen onbekende wezens in maskers en gewaden het land binnen, en dit zijn geen mensen, maar blijkbaar robots die tegen alle levende wezens zijn. Ze zijn goed bewapend en wapens zijn niet van aardse oorsprong. Maar ook onze held Mario mag niet ontbreken in Super Mario Mission Impossible. Hij hanteert een krachtige blaster die een dodelijke laserstraal afvuurt om ongewone vijanden zeker te vernietigen. Maar er is maar één loodgieter en er zijn veel robots, dus schiet hem te hulp en vernietig iedereen die hem onderweg tegenkomt. De held zal constant in beweging zijn en het is belangrijk om de vijand niet te dichtbij te laten komen in Super Mario Mission Impossible.
