De bejaarde ninjameester Kyoto besloot zichzelf een vaardigheidstraining te geven. Jij in het spel Fruit Ninja zal hem hierin vergezellen. Een kamer waarin je personage zal zijn, verschijnt op het scherm voor je. Op een signaal zullen vruchten uit verschillende richtingen beginnen te vliegen. Ze paaien op verschillende hoogtes en vliegen met verschillende snelheden. Jouw taak is om al deze vruchten in stukjes te snijden. Kijk hiervoor goed naar het scherm. Zodra de vruchten verschijnen, begin je de muis erover te bewegen. Zo snijd je het fruit in stukjes en krijg je er punten voor. Maar pas op. Er kunnen bommen op de loer liggen tussen de vruchten. Als je ze aanraakt, zal er een explosie plaatsvinden en verlies je het niveau. Dan moet je opnieuw beginnen met de passage van het Fruit Ninja-spel.
