Barbie, Rene en Teresa zijn afgestudeerd aan de Academie, die hooggekwalificeerde spionnen opleidt. Ze werken momenteel voor een geheime spionageorganisatie die geheime missies over de hele wereld uitvoert. In het spel Barbie Spy Squad Academy help je de meisjes om verschillende missies te voltooien. Kies een artiest en stuur eerst op een motorfiets door de schermen van vliegende robots langs het stadsspoor, kristallen verzamelend. Vervolgens moet je het geheime object binnendringen en het blauwe kristal stelen, je een weg banen door de vallen en ontmoetingen met robots vermijden. Kortom, je moet de spion helpen het pad te effenen dat haar naar het doel zal leiden. Draai hiervoor de stukjes en combineer ze tot een samenhangend geheel in de Barbie Spy Squad Academy.