In de magische wereld is het koninkrijk van Sweets binnengevallen door een duistere magiër met een leger monsters. Hij was in staat om verschillende sluizen te veroveren en nu moeten ze worden bevrijd. Een team van dappere ridders en goochelaars besloot dit te doen, en in Cookie Run: Kingdom help je ze op dit avontuur. Je squadron zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, dat zich langs de weg voortbeweegt. Zodra ze vijandelijke soldaten ontmoeten, begint de strijd. Een bedieningspaneel met pictogrammen bevindt zich onderaan het scherm. Door erop te klikken, kun je de acties van je personages bepalen. Door ridders in de aanval te sturen en de tovenaars te dwingen je spreuken te gebruiken, zul je de vijand schade toebrengen totdat je hem volledig hebt vernietigd. De vijand zal je ook aanvallen. Vergeet daarom beschermende en genezende spreuken niet.