Agenten van de Matrix hebben Neo in de val gelokt en nu zal hij de strijd moeten aangaan. In Mr One Punch help je hem om alle rivalen te verslaan en te ontsnappen aan de achtervolging. Je personage zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, die zich op een bepaalde locatie zal bevinden. Agenten zullen hem van alle kanten aanvallen. Gebruikmakend van de vaardigheden van de held in verschillende stijlen van man-tegen-mangevechten, moet je ze aanvallen. Aangezien er veel tegenstanders zijn, probeer ze met één slag uit te schakelen. Elke vijand die je verslaat in Mr One Punch levert je punten op.
