Een dappere ninjajongen moet vandaag een rapport afleveren bij het hoofd van zijn orde. Onze held zal een donker bos moeten overwinnen waarin verschillende soorten monsters worden gevonden. Jij in de game Ninja Boy Ultimate Edition zal hem hierbij helpen. Voor je op het scherm zie je je personage, die langzaamaan op snelheid over het pad zal rennen. Onderweg verschijnen verschillende obstakels en vallen. Door het personage slim te besturen, kun je hem op de vlucht over ze allemaal laten springen. Als je monsters hebt ontmoet, kun je ze vernietigen door shurikens naar ze te gooien of door met je vertrouwde zwaard te slaan. Verzamel onderweg verschillende voorwerpen en munten die overal verspreid zijn. Voor de items die je ophaalt, ontvang je punten in de Ninja Boy Ultimate Edition.