Onder de microben, waarvan de wereld groot is en niet volledig wordt begrepen, zijn er zowel schadelijke als zelfs gevaarlijke en nuttige, zonder welke de mens en andere levende wezens niet kunnen. In Avoid The Germs help je een kleine citroenkleurige microbe om te overleven in een gevaarlijke wereld. Hij probeert het lichaam zo veel mogelijk van puin te reinigen, maar in dit stadium heeft hij hulp nodig, omdat er kwaadaardige enorme rode microben zijn verschenen. Ze zullen de jongen achtervolgen en proberen de arme kerel te verslinden, en het hangt van jou af hoe lang hij het zal volhouden in Avoid The Germs.
