Vanuit de verre diepten van de Melkweg is een buitenaards schip op aarde aangekomen. Het schip zweefde boven een kleine boerderij. De aliens willen de schapen stelen en jij in het spel Alien Vs Sheep zal moeten voorkomen dat ze dit doen. Voordat je op het scherm verschijnt, verschijnt het territorium van de boerderij waarop de schapen zullen beginnen te lopen. Boven hem verschijnt een buitenaards ruimteschip in de lucht, dat na een tijdje de schapen zal aanvallen om ze te vangen. Je moet de muis gebruiken om de aliens van de schapen te verdrijven. Door met de muis op het scherm te klikken creëer je een speciale ring. Door er een buitenaards schip in te vangen, dwing je ze om een bepaalde afstand af te vliegen. Nadat je op deze manier een vooraf bepaalde tijd hebt volgehouden, ga je naar het volgende niveau van het Alien Vs Sheep-spel.
