De held van City Run 3D is een autochtone burger. Hij verplaatst zich met de auto door de stad, zit thuis tv te kijken en beweegt over het algemeen weinig. Al snel begon hij te merken dat zijn gewicht toenam. Het werd moeilijker voor hem om trappen te lopen en over het algemeen ging zijn gezondheid achteruit. Dit maakte de held een beetje bang en hij besloot te gaan sporten en koos voor hardlopen. Hij ging 's ochtends hardlopen en hij vraagt je om hem te helpen reageren op verschillende obstakels. Op de weg waar hij zal rennen, auto's rijden, zijn er verschillende obstakels waaronder je moet buigen. Verzamel munten door de WASD-sleutels te bedienen. Help de held zo ver mogelijk te rennen in City Run 3D.
