Enge monsters zweven boven je hoofd in Bubble Monsters Shooter. Rood, blauw, groen, paars met vreselijke grimassen, ze gaan geleidelijk naar beneden, intimiderend met hun uiterlijk. Maar je hebt controle over hen. Eronder bevindt zich al een kanon, dat je met dezelfde monsters zult opladen en ze zullen je helpen om met het hoofdleger om te gaan. Als je op het cluster schiet, probeer dan te komen waar er twee identieke bubbels naast elkaar zijn. Als dezelfde derde zich bij hen voegt, ontploffen ze, wat nodig was in het spel Bubble Monsters Shooter. De levels worden moeilijker. De monsters zullen zich hergroeperen en het zal moeilijker voor je zijn om ze te vernietigen.
