Een leger monsters trekt op weg naar een klein dorp in een bergvallei. Een meisje genaamd Anna is bedreven in man-tegen-man-gevechten. Onze heldin besloot de monsters te onderscheppen en terug te vechten. Jij in het spel Run Fighter Girl gaat haar hierbij helpen. Je meisje zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, die geleidelijk snelheid opvoert en langs de weg rent. Onderweg zullen er obstakels en vallen zijn, waar ze op de vlucht overheen moet springen. Zodra er monsters op haar pad verschijnen, kijk je zorgvuldig naar het scherm. Wanneer een meisje hen op een bepaalde afstand benadert, gebruik je de bedieningstoetsen om haar te dwingen haar gevechtsvaardigheden toe te passen. Het meisje zal de monsters aanvallen en vernietigen. Hiervoor krijg je punten in het spel Run Fighter Girl. Na de dood van de vijand kun je het meisje helpen verzamelen. Trofeeën die eruit vallen.
