Gebaseerd op sciencefiction en films, wordt verondersteld dat klonen precies hetzelfde zijn als het origineel en alles doen wat het doet. Het is niet eenvoudig om dit te controleren, omdat klonen geen gemeengoed is geworden. Maar in het Clone Jumping-spel heb je de mogelijkheid om twee kubuskarakters tegelijkertijd te besturen, die zogenaamd klonen van elkaar zijn. Als de een beweegt, doet de ander hetzelfde. Dit zal je grootste obstakel zijn bij het voltooien van de taken op elk niveau. Het doel is om beide kubussen af te leveren aan de ronde portalen. En onthoud dat ze elkaar exact kopiëren in Clone Jumping.