In het spel Atom War ga je naar de wereld waar de kleinste deeltjes leven, die we atomen noemen. Er is een oorlog begonnen in deze wereld en jij zult eraan deelnemen. Je ziet je rode atoom op het scherm voor je. Het zal een bepaalde grootte hebben en er zal een klein krachtveld omheen zichtbaar zijn. Rond je atoom zullen andere deeltjes verschijnen met een blauwe kleur. Je zult ze zorgvuldig moeten onderzoeken en degene vinden die kleiner zijn dan je personage. Dit betekent dat deze deeltjes zwakker zijn dan je atoom. Je moet ze achtervolgen en dan aanvallen. Door het blauwe atoom te vernietigen, ontvang je punten en wordt je personage groter en sterker.