De dappere ninja van Kyoto moet, in opdracht van het hoofd van zijn orde, naar de Dark Lands gaan en daar oude artefacten vinden. Jij in het spel Ninja vs Zombies zal hem vergezellen in dit avontuur. Je held zal door veel locaties moeten gaan en verschillende gevaren moeten overwinnen. Hordes zombies zwerven door de locaties waarmee je held zal moeten vechten. Door met hen de strijd aan te gaan, zal de held verschillende wapens gebruiken. Door de levende doden te vernietigen, verdien je punten en kun je ook trofeeën verzamelen die eruit vallen. Met de punten die je krijgt, kun je in de game store verschillende wapens en munitie voor je personage kopen.
